传染性疾病监测中的基因组学
基因组学正在改变现代传染性疾病的监测，帮助我们进一步了解病原体的进化，宿主-病原体的相互作用和抗生素耐药性。反过来，公共卫生专业人员正在改变他们用于研究，监测和预防时疫和流行病的方法，这些时疫和流行病包括诸如流感，结核，埃博拉，以及最近流行的冠状病毒。
评估传染性病原体的传统方法包括基于抗体的检测、实时PCR、脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点序列分型（MLST）。这些方法通常仅对少量和确定数量的生物有用，并且数据分析可能是主观的。
NGS与抗击COVID-19
冠状病毒测序
比较NGS方法，找到用于检测和表征SARS-CoV2、追踪传播途径、研究合并感染以及研究病毒传播途径和进化的解决方案。
宿主风险与宿主反应
研究宿主遗传差异和个体对诸如SARS-CoV-2的传染病的免疫应答，增加对疾病易感性和严重程度的认识。
微生物组分析
基于NGS的微生物群落调查可帮助研究人员研究微生物组对免疫、疾病严重程度和治疗响应的影响。
药物发现及研发
NGS支持药物开发人员探索基因组变异，从而为药物靶点识别、验证和临床开发提供信息。
呼吸道病原体NGS解决方案
为呼吸道病原体和抗菌素耐药性的宏基因组检测提供支持
这次大流行让我们了解到，我们需要新的工具来检测、诊断和监测新出现的病原体，例如SARS-CoV-2。IDbyDNA的定制Explify RVOP应用程序与Illumina呼吸道病毒寡核苷酸探针（RVOP）富集panel一起，为临床宏基因组学提供了从样本到结果的解决方案。
观看在线讲座使用Illumina RNA Prep with Enrichment寻找并鉴定呼吸道病毒
高灵敏度的快速靶向富集测序工作流程，可用于检测和表征COVID-19菌株等呼吸道病毒。
阅读应用说明查看呼吸道病毒Panel
利用宏基因组学鉴定病原体
借助IDbyDNA Explify平台进行强大、简单的分析
Explify平台是完全受支持的基于NGS的临床宏基因组学技术套件，主要针对临床实验室。观看此虚拟导览视频，深入了解Explify平台如何简化流程、支持实验室、改善结果等等。
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特色传染性疾病产品
Illumina RNA Prep with Enrichment
以极高的捕获效率和覆盖度均一性实现对大量靶基因的快速靶向检测。
MiniSeq Reagent Kits
实现经济实惠测序，即使是对于少量样本。
iSeq系统
iSeq 100系统让新一代测序比以往更简单，也更经济。各种规模的实验室现在都可以方便地测序小基因组、研究基因组合、分析基因表达等等。
MiniSeq系统
MiniSeq系统提供简单、经济实惠的解决方案。利用成熟的Illumina NGS技术的强大功能和可靠性推动您的研究。
MiSeq系统
通过MiSeq系统，您可以开展靶向重测序、宏基因组学、小基因组测序、靶向基因表达图谱分析等重点应用。
NextSeq系统和试剂
NextSeq系统提供了全外显子组、转录组和靶向重测序所需的灵活功能。
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更多资源
利用Pan-Viral Panel进行靶向测序
这套NGS工作流程无需事先了解，也不需要培养即可靶向检测病毒，即使对于诱变区域也可检测。
病毒学NGS解决方案
Illumina NGS提供了病毒-宿主相互作用以及微生物特异性噬菌体的完整视图。
使用NGS诊断传染性疾病
Peyro-Saint-Paul博士介绍了如何使用经CE-IVD认证的iDTECT™ Blood Test来检测血液样本中的病原体。
HIV病毒的深度测序
了解耐药性变异的检测和病毒单倍型的追踪。
参考文献
- Lipkin WI (2013) The changing face of pathogen discovery and surveillance. Nat Rev Micobiol 11:133–141.
- Feero WG, Guttmacher AE. (2013) Microbial genomics and infectious diseases. N Engl J Med 365:347–357.
- Bao C-J, Cui L-B, Zhou M-H, Long L, Gao GF (2013) Live-animal markets and Influenza A (H7N9) virus infection. N Engl J Med 10.1056/NEJMc1306100.
- Lienau EK, Strain E, Wang C, Xheng J, Ottesen AR, et al. (2011) Identification of a Salmonellosis outbreak by means of a molecular sequencing. N Engl J Med 364:10.