分子流行病学描述了确定疾病遗传基础的过程,其中包括宿主和病原体中影响感染、传播和预防的变异。研究人员会确定感染源、传播途径以及与毒力和耐药性相关的分子途径和基因,以此来支持医院感染的控制和流行病学调查。
传统的病原体鉴定和表征方法通常以一系列假设为指导,并且只针对有限数量的生物体进行了优化。
新一代测序(NGS)可以对多种分离物进行高度准确、无假设的分析,能取代用于鉴定生物体及检测耐药性和毒力的多种检测方法。利用全基因组测序数据进行高分辨率病原体分型可以区分许多当前方法无法区分的生物体。
NGS的一个重要优势是研究人员可以生成能够鉴定一系列生物(细菌、病毒和寄生虫)的基因组序列数据。检测基因组间的变异可以支持横断研究,有助于更好地了解引起感染和传播的机制,并且能通过系统发育分析来确定生物之间的亲缘关系。
NGS在分子流行病学中的主要应用是全基因组测序。
Get an introduction to genomic epidemiology as Dr. Jennifer Gardy explains how NGS is adding muscle to public health efforts and how it was used to reconstruct outbreaks of tuberculosis in British Columbia, Canada.
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View Video通过全面、快速的靶向富集测序对常见的呼吸道病毒(包括COVID-19病毒株)进行高度灵敏的检测和表征。
这种基于NGS的工作流程可靶向呼吸道病原体和抗菌素耐药性等位基因,还提供了IDbyDNA支持的简化数据分析。
这些免费工具可加速冠状病毒的检测和鉴定,进行宿主反应研究,简化样本追踪并为公共数据库做出贡献。