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微生物基因组学, 复杂疾病基因组学

IDbyDNA与Illumina合作提供NGS感染性疾病检测解决方案

合作旨在通过结合全面的测序工作流程与完善的临床信息学, 加速NGS在临床传染性疾病检测领域的应用

IDbyDNA与Illumina合作提供NGS感染性疾病检测解决方案
2020年3月17日

Illumina公司(纳斯达克股票代码:ILMN)今天宣布与IDbyDNA公司,一家为检测、鉴定和解读微生物及其在人类健康中的作用设定标准的宏基因组技术公司建立全球战略合作伙伴关系,共同为全球微生物市场提供基于新一代测序(NGS)的全面工作流程。

根据协议条款,Illumina和IDbyDNA将共同推广IDbyDNA的Explify®平台与Illumina的NGS测序平台和文库制备产品,将这些产品搭配使用能为感染性疾病应用提供完整的一体化工作流程解决方案。此外,IDbyDNA和Illumina还将共同开发仅供研究使用(RUO)的工作流程。

 

我们意识到采用新一代测序方法进行感染性疾病检测的主要障碍是缺乏简单且强大的生物信息学软件,无法将测序仪产生的数据转化为可操作的报告。IDbyDNA Explify平台与Illumina NGS测序仪和文库制备试剂的结合构建了一个强大而全面的感染性疾病工作流程。

此次合作旨在推动NGS测序平台、文库制备试剂以及其他试剂的广泛应用,为世界各地的实验室和医院提供高保真度的NGS分析、解读和报告能力。其目标是加速和改善感染性疾病检测。在COVID-19大流行期间,两家公司已经加快了合作的进程,以此来为全球开展NGS的客户提供更好的支持,帮助他们进行监测。

除了已经对COVID-19的监测提供的支持外,最初的商业化RUO工作流程还将重点关注多种类型的感染,尤其是那些使用NGS比使用当前技术更有独特价值的感染,同时也会继续支持COVID-19的监测。这些工作流程利用了Illumina的文库制备试剂和NGS测序平台,以及IDbyDNA的Explify平台。其目标是帮助实验室开发能全面鉴定病原体,同时还能提供抗菌耐药性标记相关信息的检测。

Illumina临床市场营销副总裁Kathy Davy表示:“我们意识到采用新一代测序方法进行感染性疾病检测的主要障碍是缺乏简单且强大的生物信息学软件,无法将测序仪产生的数据转化为可操作的报告。IDbyDNA Explify平台与Illumina NGS测序仪和文库制备试剂的结合构建了一个强大而全面的感染性疾病工作流程。”

“基于NGS的宏基因组检测能够最全面地检测成百上千种病原体,既可用于常规检测,也可用于新出现的公共卫生威胁,例如导致COVID-19疫情的SARS-CoV-2病毒。更重要的是,我们不仅能够确定这种新出现的病毒的存在,而且还能破译单个病毒株的基因组,从而比较各个病毒株,将它们与其他冠状病毒区分开来,并在诊断时就进行监测活动,” IDbyDNA公司的CCO Jeff Field说道,“随着全球旅行的增加和经济一体化,监测和追踪新型冠状病毒等病原体的传播能力成为了一项重大的公共卫生挑战。通过与NGS领域的领导者合作,我们计划让Explify平台迅速成为全球感染性疾病诊断和监测领域的新标准。”

美国第一个将IDbyDNA与Illumina的产品结合起来的临床实验室是位于阿拉巴马州的Synergy实验室。Synergy目前正在提供基于NGS的尿道感染(UTI)综合性检测,其中包括约100种尿路病原体、定量分析和371种精选的抗生素耐药性遗传标记,该检测会使用Explify平台来分析结果。

“我们意识到基于NGS的微生物学检测是感染性疾病检测的未来,因此我们正在与Illumina和IDbyDNA合作,将这项新技术引入美国东南部市场,并开始为我们的临床医生和患者提供目前最全面的感染性疾病检测,”Synergy实验室CEO Brad Pitts说道。

IDbyDNA Explify平台与Illumina NGS测序仪和试剂的结合,旨在为微生物学市场提供商业化的工作流程解决方案,帮助实验室和医院进行基于NGS的全面诊断,包括广泛的病原体检测、抗菌耐药性检测和定量分析,从患者样本中更快地获得更多信息。

 

关于Explify

Explify平台可以同时分析任何样本中数以万计的微生物和病原体,为医疗保健人员提供有用的信息。该工作流程解决方案能够让实验室针对感染性疾病提供基于NGS的宏基因组检测。Explify平台能管理实验室的工作流程,分析宏基因组数据,并提供用于临床审查、质量控制和报告的应用程序。Explify为实验室提供了一种简化的方法,能让其提供基于NGS的实验室自主研发的检测方法(LDT),这种方法会更加全面且无偏倚。Explify宏基因学分析是一个专有的DNA搜索引擎,可在几分钟内分析数千万个新一代测序read,能够检测数万种不同的微生物。专有的Explify数据库包含数百万个精选的DNA和RNA参考序列,可鉴定50,000多种微生物和3,000多种已知的常见和罕见病原体,包括抗菌耐药性(AMR)。

 

关于IDbyDNA

IDbyDNA已经开发出了革命性的宏基因组技术,可以同时分析任何样本中数以万计的微生物和病原体。我们和全球的合作伙伴正在一起为鉴定和了解微生物及其在人类健康中的作用设定标准。www.idbydna.com

 

关于Synergy实验室

Synergy实验室是一个提供全方位服务的诊断实验室,它可以利用各种创新平台来改善患者护理。 Synergy成立于2015年,由Brad Pitts和Brandon Biles创立,其使命是为医疗保健领域提供合乎道德规范的服务,并为医疗保健人员提供优质的服务和准确的结果。近年来,Synergy一直在引进最新技术来为不断增长的客户群提供服务。 其中有许多令人激动的消息。如需了解更多信息,请访问www.synergytesting.com,或通过LinkedIn与我们联系,您还可以关注@SynergyTests。

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