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农业基因组学, 公司, 社区

地球生物基因组计划为生命测序奠定了基础

Illumina将提供互补短read数据

地球生物基因组计划为生命测序奠定了基础
2019年8月28日

地球生物基因组计划(EBP)是由多个合作机构和附属计划组成的联盟组织,其共同目标是在10年内对地球上已知的150万种真核生物的基因组进行测序和注释。EBP的目标是创建生命树的序列骨架,它将成为生物学、保护、农业、医学和不断增长的全球生物经济的重要基础设施。

EBP第一阶段的目标是在未来三年内对大约9300种已知的包括植物、动物、原生动物、真菌和其它微生物在内的真核生物科的代表性物种进行测序,而EBP在其启动的第一年就为第一阶段的完成奠定了基础。

8月27–30日在纽约洛克菲勒大学举行的EBP合作机构和附属计划会议上报告的进展重点包括:在未来的两年里,惠康桑格研究所(英国辛克斯顿)将斥资800万英镑启动达尔文生命树计划(1000万美元),并聘请Mark Blaxter教授担任计划负责人;加州政府拨款1000万美元来支持加州保护基因组计划,该计划的主要任务是保护加州受到威胁和濒临灭绝的物种;Illumina公司承诺提供互补短read数据,帮助创建100个用于基础与保护科学的注释参考基因组;脊椎动物基因组计划公布了101个参考基因组,首次证明了大规模测序可以获得高质量的基因组;自2018年11月EBP启动以来,机构成员数量增加了近50%,达到25个,附属计划数量增加了四分之一,达到19个。附属计划包括科学团体、国家和地区计划,其成员包括进行基于分类的生物多样性基因组测序的专家。

 

我们很荣幸能参与世界上最大的测序计划,共同致力于地球上所有真核生物多样性的研究。我们也通过这笔捐赠践行了承诺,即通过普及基因组学的项目来改善生命。

夯实基础的好处

EBP还在吸纳不同规模、组成、重点和地点的组织,成员的增加也扩大其影响范围。采用网络化的方法有助于征集大家的力量来解决世界上的许多问题,比如保护地球的生物多样性、负责地管理资源。

建立EBP标准并与国际基因组团体共享,可以鼓励各国家/地区和团体各自组建能体现和支持EBP目标的计划,也能为已经加入EBP的现有大规模基因组计划提供指导。

EBP主席Harris Lewin指出,“今年是EBP取得巨大进展的一年,我们得到了科学界、资助机构、慈善机构和公众的广泛关注和支持。”“EBP的成员和附属计划在开发标准,以及在预计的成本内提供大规模的高质量参考基因组方面处于领先地位。我们为积极实现EBP第一阶段的目标,即在三年内从约9300个真核生物科的每个科中选出一个物种进行测序,打了下坚实的基础。”

资金支持为附属计划提供了国际平台

几个主要的基金将继续推动这一势头,并协助完成EBP第一阶段的目标。惠康桑格研究所的达尔文生命树计划旨在对英国6万个物种的遗传密码进行测序。该EBP附属计划将为EBP的三个阶段提供高质量的参考基因组。

加州大学洛杉矶分校的Brad Shaffer教授领导的加州保护基因组计划获得了加州政府1000万美元的拨款,该计划将向加州及联邦机构提供基因组数据,为决策者提供有关保护和管理加州物种及其栖息地的信息。该计划的总体目标是利用加州大学10个校区的基因组技术来更好地保护自然资源,并制定战略计划,以确保加州的动植物及其栖息地在现在和将来能更好地适应气候和其他人类介导的变化。

Illumina将以实物的形式免费提供短read数据,帮助创建100个参考基因组,并参与单细胞和小型多细胞生物基因组测序的技术开发,大力推动EBP及其附属计划的发展。

Illumina的副总裁、杰出科学家Gary Schroth表示,“我们很荣幸能参与世界上最大的测序计划,共同致力于地球上所有真核生物多样性的研究。我们也通过这笔捐赠践行了承诺,即通过普及基因组学的项目来改善生命。”

这些基础性计划共同为今后的技术成就和来自其他政府组织、慈善机构和私营机构的资金增长奠定了基础。

英国惠康桑格研究所主任Mike Stratton说道,“地球生物基因组计划对我们所有人的未来至关重要。我非常激动地看到它以这种方式兴起,并非常期待它在未来十年提供的丰富科学见解。”

下一年,EBP将着重进行EBP第一阶段的样本收集和验证,在所有分类单元中采用样本采集、处理、样本元数据、DNA测序和基因组注释的标准,以及由成员组织和附属计划生产1000个参考基因组。

EBP领导团队

Harris A. Lewin,EBP工作组主席,加州大学戴维斯分校

W. John Kress,EBP工作组联合主席,史密森学会

Gene E. Robinson,EBP工作组联合主席,伊利诺伊大学香槟分校

目前的机构合作伙伴(25)

澳大利亚博物馆、贝勒医学院、深圳华大基因研究院、BioPlatforms Australia、加拿大英属哥伦比亚癌症研究中心、达尔豪斯大学、英国厄尔汉姆研究所、圣保罗研究基金会(FAPESP)、乔治华盛顿大学、阿卜杜勒阿齐兹国王大学、韩国极地研究所、德国马克斯普朗克分子细胞生物学和遗传学研究所、丹麦自然历史博物馆、Novim Group、英国皇家植物园、SpaceTime Ventures、庞培法布拉大学、智利大学、加州大学戴维斯分校、加州大学圣克鲁斯分校、佛罗里达大学、伊利诺伊大学香槟分校、奥斯陆大学、悉尼大学、惠康桑格研究所。

附属团体、地区和国家计划(19)

1000种真菌基因组计划(1000 Fungal Genomes Project, 1KFG)、全球无脊椎动物基因组联盟(Global Invertebrate Genomics Alliance, GIGA)、全球蚂蚁基因组学联盟(Global Ant Genomics Alliance, GAGA)、5000种昆虫基因组计划(5,000 Insect Genome Project, i5K)、百种农业害虫计划(Ag100 Pests)、10,000种植物基因组计划(10,000 Plant Genomes Project, 10KP)、10,000种鸟类基因组计划(10,000 Bird Genomes, B10K)、万种脊椎动物基因组计划(Genome 10K Project)、200种哺乳动物计划(200 Mammals Project)、DNA动物园(DNA Zoo)、澳大利亚哺乳动物基因组计划(Australian Mammals Genome Project, OMG)、达尔文生命树计划(Darwin Tree of Life)、LOEWE转化生物多样性基因组学中心(LOEWE-Centre for Translational Biodiversity Genomics)、加州保护基因组计划(The California Conservation Genomics Project)、1000种智利基因组计划(1000 Chilean Genomes Project)、台湾生物基因组计划(Taiwan BioGenome Project)、史密森全球基因组计划(Smithsonian Global Genome Initiative, GGI)、全球基因组生物多样性联盟(Global Genome Biodiversity Network, GGBN)。

了解更多:

https://www.earthbiogenome.org/

https://twitter.com/EBPgenome

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