商业化农业中的基因组学
基因组学在商业化农业中的应用（例如用于性状筛选的基因分型）已经成为现代农业和育种中不可缺少的一部分。我们的芯片和新一代测序（NGS）技术可以帮助育种人员和研究人员评估和预测植物和动物的遗传优势，为关于动植物选育和健康的关键决策提供指导。
基因组选择和性状筛选
在选择性育种等许多商业化农业应用中，遗传信息筛选在很大程度上取代了物理筛选。与特定的优质性状相关的遗传标记物可用于筛选大量的后代，以识别那些具有理想特征的后代。性状筛选是多基因性状筛选的理想方法。多基因性状难以用传统的育种或繁殖技术来管理，更难从表型上加以鉴定。群体的迭代筛选更容易分离出具有理想性状的后代来用作种畜。Illumina针对基于芯片和测序的解决方案提供了全面的产品组合，能够帮助研究人员筛选出具有期望性状的牲畜和农作物。
基因组选择和商业化农业应用
新一代测序和基因分型技术正在彻底改变动物育种。
分子标记物辅助回交
在商业化农业应用中，回交的目的是将一种感兴趣的特性（如耐旱性、高产或抗病性）从供体亲代转移到后代。使用Illumina芯片或NGS进行分子标记物辅助回交，让研究人员能够通过易于筛选的遗传连锁标记来监测性状基因的传递。这种方法可显著加快回交程序，并减少推出具有商业价值的植物品系或种畜所需的时间。
商业化农业中动物的可追溯性
动物的身份验证和亲缘鉴定是维护世界动物种群生物安全性必不可少的工具。Illumina基因分型平台提供的速度、可靠性和通量可让用户从动物出生开始进行跟踪，并可以灵活地根据需要进行反复测试。基因分型的高通量对于需要大规模生产的商业化农业应用尤为重要。
传染性疾病鉴定
面对动物群体中新近出现的新型传染病，研究人员需要在传统的诊断测试之外寻找鉴定这些新病原体的方法。NGS的快速和经济实惠推动了宏基因组学领域的发展，使研究人员能够对样本进行筛选，迅速检测传染物，追踪疾病爆发的过程。Illumina NGS技术在商业化农业中正迅速成为微生物分析和兽医应用的重要工具。
通过NGS跟踪食源性病原体
MiSeq系统帮助该实验室高效地进行农产食品病原体检测和流行病学分析。
商业化农业中的亲缘鉴定
遗传标记物可用于鉴定动物，了解后代与亲代的关系。由于单个标记物可能不会产生确定的结果，因此使用多个标记物来增加识别真正亲代的概率。在多代公畜和母畜并存在于畜群中的同种异系繁育情况下，可结合标记结果和饲主对可能的公畜或母畜的了解确定亲缘关系。
TruSeq Bovine Parentage Sequencing Panel
该panel可以对多个肉牛和奶牛品种进行亲缘鉴定，并在单个试验中增加相关性状的基因分型。
转基因鉴定
转基因生物（GMO）的分子鉴定对于事例判选以及许多国家的监管批准是必要的。NGS的简便性与一致性使这种方法可以出色地替代现有的PCR产物Southern blotting和测序方法。全基因组的深度测序能够确定插入位点的数量、每个位点的拷贝数、插入和原先位点的序列，并分析传代稳定性。
