微生物转录组学
转录组是指由生物的基因组所编码的一整套RNA。宏转录组学包含复杂样品内的一组生物所编码的所有RNA。对于微生物而言，了解基因表达动态对定量转录本水平很关键，因为生物对环境或宿主条件的变化作出反应。微生物转录组和宏转录组信息对于预测特定抗生素的耐药性，了解宿主与病原体的免疫相互作用，以及追踪疾病发展十分重要.
RNA-Seq用于微生物转录本的分析
利用新一代测序(NGS)技术，RNA测序(RNA-Seq)已经成为注释和定量完整转录本的标准方法。研究人员提取出细胞RNA并转化成cDNA，并用其制备测序文库。之后他们将序列定位回参考基因组，提供有关特征的定量信息，比如外显子边界和剪接位点，并提供定量的转录本数据，利于多个实验之间的比较。
与芯片等杂交方法不同，RNA-Seq实现了无偏向、链特异的常见和新颖转录本鉴定。宽的动态范围让单个RNA-Seq实验就能自信鉴定高和低的表达子。通过适合自动化的简化流程，多个样品可一次处理。
建议的流程和产品
目前有多种方法来开展这些实验，但我们建议在流程中的每一步使用这些产品。
注意，如果使用TruSeq RNA sample prep kit，您不需要提取RNA并转录成cDNA。如果您使用RNA提取试剂盒，您需要生成dsDNA模板，用于Nextera XT。
单击下面的 可查看每个工作流程步骤的产品。
一种从贴壁和悬浮细胞中提取RNA的简单方法。
同时纯化DNA和RNA，用于多个应用，包括基因组文库制备。
Streamlined, cost-efficient, and scalable solution for total RNA analysis.
注意:如果您使用TruSeq RNA sample prep kit，您不需要提取RNA并转录成cDNA。
Speed and simplicity for targeted and small genome sequencing.
MiSeq v3 Reagents Kits简单易用的桌面式测序仪和试剂，产量达15 Gb
NextSeq 500NextSeq桌面式测序系统是第一台也是唯一一台能提供外显子组、转录组和全基因组测序的桌面式测序仪。
Power and efficiency for large-scale genomics.
HiSeq 2500 reagent kits最高通量的测序仪及试剂，产量高达600 Gb
从BaseSpace上下载文件，在BaseSpace上分享文件。
研究微生物转录组图谱的工具和信息，特别是来自高通量技术的转录组数据
Oases为生成转录本而设计的De novo转录组组装程序。
组装转录本，估计其丰度，并在RNA-Seq样品中检测差异表达和调控。
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文献
- Wang Z, Gerstein M, Snyder M. (2009) RNA-Seq: A revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet 10:57–63.
- Mäder U, Nicolas P, Richard H, Bessières P, Aymerich S. (2011) Comprehensive identification and quantification of microbial transcriptomes by genome-wide unbiased methods. Curr Opin Biotechnol 22(1):32–41.
- Clyde K, Glaunsinger BA. (2011) Deep sequencing reveals direct targets of gammaherpesvirus-induced mRNA decay and suggests that multiple mechanisms govern cellular transcript escape. PLoS One 6(5):e19655.