利用多重分析的力量对数百个生物体进行测序

生成准确的参考基因组并进行比较基因组学研究

微生物全基因组测序

当我们绘制新型生物的基因组、完善已知生物的基因组、或者比对多个样本的基因组时,微生物全基因组测序是一种重要的手段。对整个细菌、病毒以及其他微生物基因组进行测序对于生成准确的参考基因组、进行微生物鉴定以及进行其他比较基因组学研究来说十分重要。

与毛细管测序或基于PCR的方法不同,新一代测序(NGS)具备多重分析功能,可以使微生物学研究人员同时对数百种生物进行测序。与传统方法不同,基于NGS的微生物基因组测序不依赖工作量大的克隆步骤,可节省时间并简化工作流程。NGS可以鉴定低频变异和基因组重排,而其他方法可能会漏检或者鉴定成本过高。

微生物学方法指南
微生物学方法指南

该指南提供了您所需的全部信息,从文库制备到最后的数据分析。为您实验室的各种微生物学应用选择最佳工具。

获取指南

从头全基因组测序是指在不使用基因组参考的情况下组装基因组,通常用于新的微生物基因组的测序。Illumina测序仪具备前所未有的原始read准确性、读长以及read深度,可提供高质量的原始数据和完整的微生物基因组组装。

了解Nextera DNA Flex的优势
了解Nextera DNA Flex的优势

一个快速、集成的工作流程,适合广泛的应用,从人类全基因组测序到扩增子、质粒和各种微生物。

查看产品

微生物全基因组重测序涉及对细菌、病毒或其他微生物的整个基因组进行测序,并将序列与已知参考序列进行比较。对于检测低频突变、发现关键缺失与插入以及发现微生物菌株之间的其他基因变化来说,快速准确地生成微生物基因组序列信息十分重要。

温泉中的极端微生物
温泉中的极端微生物

Brian Hedlund博士利用了基因组学来研究了温泉中的微生物。他的研究发现了新的生物种类。

查看视频
特色微生物全基因组测序工作流程

该新一代测序工作流程专为新手设计,介绍了该应用每个步骤中推荐的实验方法和产品。这些产品包括Nextera DNA Flex Library Prep Kit、MiSeq系统和SRST2 BaseSpace App。

查看工作流程
特色微生物全基因组测序工作流程
iSeq 100系统

iSeq 100系统让新一代测序比以往更简单,也更经济。

了解更多
Nextera Mate Pair Library Prep Kit

该文库制备试剂盒提供了一种无凝胶方法,可用最低的DNA起始量制备高达12 kb的配对末端文库。

查看产品
Nextera XT DNA Library Preparation Kit

支持低DNA起始量,仅需90分钟,即可为小型基因组、PCR扩增子、质粒或cDNA制备好测序文库。

查看产品

特色微生物研究案例

寻找细菌耐药性的来源
寻找细菌耐药性的来源

一项靶向深度测序分析鉴定了悄然导致疾病爆发的多药耐药性结核分枝杆菌菌株。

阅读文章
对抗埃博拉病毒的战斗
对抗埃博拉病毒的战斗

在2014年,世界的目光聚焦于西非,当时埃博拉病毒在那里爆发,夺去了数以千计的生命。事实上埃博拉病毒很久以前已经在悄悄传播了。

阅读文章
iSeq的功能和便携性
iSeq的功能和便携性

当地科学家借助iSeq 100系统分析了刚果民主共和国埃博拉疫情的传播模式和起源。

阅读文章
应用NGS是否能酿造更好的啤酒?

一组国际科学家、酵母生产商和啤酒酿造公司对96种酵母菌种进行测序,以了解基因如何影响啤酒的口感和质量。他们的发现发表在Cell上,可帮助啤酒酿造公司酿造更好的啤酒。

查看文章
应用NGS是否能酿造更好的啤酒?

有多种方法可以开展这类实验,但工作流程的每个步骤都有一些推荐使用的产品。

点击下方的查看工作流程各步骤所使用的产品。

Nextera DNA Flex Library Prep Kit

一个快速、集成的工作流程,适合广泛的应用,从人类全基因组测序到扩增子、质粒和各种微生物。

Nextera Mate Pair Library Prep Kit

一种无凝胶方法,可用低起始量的DNA制备高达12 kb的配对末端文库。它是从头测序、构建基因组完成图和检测结构变异的理想方法。

Nextera XT Library Prep Kit

90分钟内即可用小型基因组(细菌、古细菌、病毒)、扩增子和质粒制备出可直接用于测序的文库。

TruSeq DNA PCR-Free Library Preparation Kit

该试剂盒可提供简便、全面的文库制备方案,拥有简化的无凝胶工作流程,能够对最具挑战性的区域进行测序,并且能够为全基因组测序应用检测出最多的变异。

台式测序系统

iSeq系统

具有经济实惠,快速且触手可及的测序能力,可在任何实验室进行靶向或小型基因组测序。

MiniSeq系统

支持多种靶向DNA和RNA应用。

MiSeq系统

支持多种试剂盒配置,包括500个循环的试剂盒,适用于高效的小型基因组定位。提供micro和nano两种规格,可对1–4个样本进行经济高效的测序。

NextSeq 550系统

灵活的台式测序仪,可用于外显子组、转录组和全基因组测序。

高通量测序系统
具有高通量微生物全基因组测序的强大功能,可根据您的项目或工作流程需要灵活改变规模。

HiSeq 4000系统

高通量、低成本,可以进行大规模基因组测序。

NovaSeq 6000系统

无论何种基因组、何种测序方法和项目规模都有可扩展的通量,灵活简便。

BaseSpace应用程序,用于从头组装或重叠群和框架的定位

Velvet de novo Assembly

利用Velvet组装器对细菌进行从头组装,该软件侧重于Nextera Mate Pair数据。

String Graph Assembler

用于组装重叠群、构建框架、删除配对末端接头序列以及计算组装质量指标。

SPAdes Genome Assembler

用于组装微生物基因组序列的生物信息学在线工具。

Prokka基因组注释

利用从头组装序列对原核基因组进行快速的基因注释并识别其编码序列。

Rescaf

通过消除组装错误及缩小共有序列中的缺口,以改善细菌从头组装的拼接。

Interested in receiving newsletters, case studies, and information on microbial genomics? Enter your email address.
细菌从头测序
细菌从头测序概述

了解高质量的双端read如何确保优质的细菌基因组组装。

查看PDF
Nextera Mate Pair Library Prep
Nextera Mate Pair Library Prep

用于从头组装的长插入片段文库的优化方法。

查看PDF
微生物学:聚焦食品病原体检测
微生物学:聚焦食品病原体检测

Illumina新一代测序平台概述,以及食品病原体检测的相关应用和使用案例。

观看视频
一键式的微生物基因组从头组装
一键式的微生物基因组从头组装

探索微生物和其他基因组的从头组装方法。

了解更多
酿酒酵母基因组的组装
酿酒酵母基因组的组装

本应用说明介绍了使用MiSeq对小型基因组进行测序的完整工作流程。

查看PDF
用于微生物基因组和感染控制的NGS
用于微生物基因组和感染控制的NGS

研究人员开展了全球合作,正在利用MiSeq系统来了解耐药细菌的演化与传播。

阅读访谈录