De Novo 微生物基因组测序
De novo 全基因组测序在不使用基因组参考的情况下组装基因组，通常用于测序新颖的微生物基因组。Illumina测序仪提供了无以伦比的原始序列准确性、读长和读取深度，带来高质量的原始和完整微生物基因组组装。
微生物全基因组重测序
全基因组重测序包括生物体整个基因组的测序以及序列与已知参考的比较。快速准确地产生测序信息对于检测低频率突变、找到关键的缺失和插入，以及发现微生物菌株中的其他遗传改变很关键。
微生物全基因组测序
微生物全基因组测序是一种绘制新颖生物的基因组、完成已知生物的基因组或比较多个样品基因组的重要工具。测序整个基因组对生成准确的参考基因组很重要，适用于微生物鉴定及其他比较基因组研究。
与毛细管电泳测序或PCR方法不同，新一代测序 (NGS) 让微生物学研究人员能够享受到多重分析的力量，对数百种生物进行测序。与传统方法不同，NGS不依赖劳动密集的克隆步骤，节省时间，并简化流程。NGS能够鉴定低频率的变异和基因组重排，它们可能被其他方法错过，或鉴定过程太过昂贵。
建议的流程和产品
目前有多种方法来开展这些实验，但我们建议在流程中的每一步使用这些产品。
单击下面的 可查看每个工作流程步骤的产品。
一种从革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌中提取DNA的简单方法。
从各种类型的生物材料中高效纯化完整的总核酸(TNA)、DNA或RNA
一种制备高达12 kb mate pair文库的方法，它无需凝胶，对DNA起始量的要求低。它是de novo测序、基因组完成和检测结构变异的理想方法。
Nextera XT Sample Prep Kit在不到90分钟的时间内制备小型基因组（细菌、古细菌、病毒）、扩增子以及质粒的测序即用文库，而手工操作时间只有15分钟。
一切全包的简单文库制备，有着无需凝胶的简短流程，能够测序最具挑战性的区域，并鉴定最大数量的变异，适合全基因组测序应用。
Speed and simplicity for targeted and small genome sequencing.
MiSeq v3 Reagents Kits简单易用的桌面式测序仪和试剂，产量达15 Gb
NextSeq 500NextSeq桌面式测序系统是第一台也是唯一一台能提供外显子组、转录组和全基因组测序的桌面式测序仪。
Power and efficiency for large-scale genomics.
HiSeq 2500 reagent kits最高通量的测序仪及试剂，产量高达600 Gb
通过简单而直观的图形界面访问初步及二次分析的数据以及每个样品的质量和覆盖度信息。
SPAdes Genome Assembler BaseSpace AppOnline bioinformatics tool for assembling microbial genome sequences.
细菌基因组序列的de novo组装。
强大的基因组浏览器，展示多个样品的比对和变异，适合开展复杂的变异分析。
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更多资源
Microbiology: Spotlight on Food Pathogen Testing
Overview of Illumina next generation sequencing platforms and relevant applications and use cases for food pathogen testing.
文献
- Köser CU, Bryant JM, Becq J, Török ME, Ellington MJ, et al. (2013) Whole-genome sequencing for rapid susceptibility testing of M. tuberculosis. N Engl J Med 369(3):290–2.
- Harrison EM, Paterson GK, Holden MT, Larsen J, Stegger M, et al. (2013) Whole-genome sequencing identifies zoonotic transmission of MRSA isolates with the novel mecA homologue mecC. EMBO Mol Med 5(4):509–15.
- Kato-Maeda M, Ho C, Passarelli B, Banaei N, Grinsdale et al. (2013) Use of whole genome sequencing to determine the microevolution of Mycobacterium tuberculosis during an outbreak. PLoS One 8(3):e58235.