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动植物测序

农业和环境领域的基因组测序

全世界的研究人员正在利用动植物测序来研究不同物种的基因组。这些遗传图谱为发现提供了丰富的基础,能帮助我们了解生命和进化,找到保护濒危物种的新方法。

在农业领域利用新一代测序(NGS)也有助于许开发更具生产力和可持续性的方法,从而使我们能够应对环境变化带来的挑战,满足不断增长的人口的粮食需求。

助力农业基因组学

了解NGS如何使动植物测序项目成为可能。

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特色动植物基因组测序研究

澳大利亚新物种测序研究
澳大利亚新物种测序研究

迪肯大学的教授Chris Austin和Larry Croft介绍了NGS如何带来新的研究机会,并影响农业基因组学的未来。

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德州农工农业生命研究院开展的复杂植物基因组测序
德州农工农业生命研究院开展的复杂植物基因组测序

Charlie Johnson介绍了他的实验室正在进行的植物测序,并向想要使用NGS的人提供了建议。

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利用NGS拓展冲绳的水产养殖
利用NGS拓展冲绳的水产养殖

冲绳科学技术研究所正在使用动植物测序来推动海洋生物学、农业基因组学和水产养殖领域的研究。

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动物测序研究案例

千牛基因组计划
大规模动物测序实现了快速的家畜改良

千牛基因组计划(1000 Bull Genomes Project)的测序数据正在协助研究人员发现阳性和阴性性状,使全球畜群受益。

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旨在改善生计的重要鱼类测序
旨在改善生计的重要鱼类测序

Vanina Villanova博士获得了2018年的Agriculture Greater Good Initiative基金资助,来为淡水白鲳这种重要的南美淡水鱼绘制遗传图谱。

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进行海豚基因组装
进行海豚基因组装

高质量基因组对解决宽吻海豚的育种、比较生物学、医学和保育规划的挑战至关重要。

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农业领域的基因组测序方法

方法描述用途
从头测序动植物的从头测序是掌握生物性状的遗传基础及其与环境相互作用的第一步。分析图谱位置,为之后的重测序积累品种信息以发现单核苷酸多态性(SNP)和其他遗传变异。
全基因组重测序这种全面的方法可在有某一物种的参考基因组时分析其整个基因组。鉴定基因、SNP和结构变异,同时确定基因型。
转录组测序RNA测序可提供新颖的视角,让我们深入了解发育过程中、疾病和压力状态下表达水平的改变。阐明基因和蛋白的功能以及相互作用,确定一系列组织特异性的RNA转录本,发现新的SNP。
表观遗传学对环境变化(例如食物可利用性或干旱条件)的适应性反应会触发动植物表型变化,从而影响其活力和生殖适度。使用测序手段鉴定DNA甲基化、染色质结构和小RNA表达变化,您可以更好地了解表观遗传因子如何影响上述性状(以及目标物种其他性状)的调控。
靶向重测序该方法可对多个样本中预先确定的遗传变异区域进行测序。鉴定常见变异和罕见变异——例如SNP和拷贝数变异(CNV)——有助于为育种决策提供信息或鉴定疾病易感性。
通过测序进行基因分型一种发现动植物新SNP以及执行基因分型研究的低成本遗传筛查方法,通常是多个标本同时进行。应用范围包括遗传谱图分析、回交系筛查、纯度检测、单倍型图谱构建,以及植物基因组研究中关联性分析和基因组评估的开展。
环境DNA测序有效的生物监测工具,可鉴定水、土壤和其他样本中的细菌和真核物种。应用范围包括港口监测、生物多样性调查、压载水检测、土壤检测等。
基因组编辑CRISPR(规律成簇间隔短回文重复序列)基因组编辑在农业、食品科学、环境科学和许多其他领域都有巨大的应用潜力。确认基因敲除、分析在靶和脱靶效应,评估基因编辑的功能影响。
新一代测序新手指南

在本简介中,我们将指导您完成NGS工作流程,并协助您规划第一次实验。

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利用植物基因组测序加速作物研究

利用植物基因组测序加速作物研究

此次在线讲座介绍了高质量且经济实惠的基因组从头组装对作物研究的影响。特拉维夫大学的Assaf Distelfeld讲解了最近进行的小麦祖细胞的基因组装,以及这一新资源对改善小麦育种的帮助。

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农业基因组学研究综述

农业基因组学研究综述

该综述介绍了农业基因组学领域近期的同行评审研究文献,并概述了能为育种人员提供强大工具,推动农业发展的创新技术。

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动植物基因组测序资源

引入NGS到农业应用
引入NGS到农业应用

介绍用于农业研究的Illumina新一代测序技术。

恢复哥伦比亚河盆地的鱼群
恢复哥伦比亚河盆地的鱼群

全新的测序方法降低了成本,并可对数万条鱼进行分析。

通过测序进行基因分型
通过测序进行基因分型

该文章的作者利用测序研究了倍性不同的作物。