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社区, 公司, 微生物基因组学

Video: Illumina投身大流行前线

回顾我们如何部署新一代测序以支持全球监测

Illumina投身大流行前线
2021年8月26日

本月,Illumina(因美纳)向孟买市政管理机关运营的Kasturba医院分子诊断参考实验室捐赠了价值100万美元的测序产品。Kasturba医院位于印度马哈拉施特拉邦,当地有超过600万人感染新冠,医院知道基因组学监测是重要的工具。作为一家全球性生命科学公司,Illumina的使命是支持更好的健康和生活质量。在大流行期间,这一使命更为重大。目前,Illumina已在70多个国家/地区为COVID监测提供支持。

从一开始,测序就加入了抗疫之战
2020年1月24日清晨,在家人准备欢度春节时,Illumina中国员工正在打包NextSeq™ 550测序仪,准备送往中国疾病预防控制中心(CCDC)。之后,Illumina团队校准了仪器并对CCDC员工进行了培训。这些仪器对帮助中国科学家和公共卫生官员更好地了解新出现的冠状病毒极为重要。

Illumina从第一天开始就亲身参与其中:为客户提供产品、工作流程和支持;助力数据和样本共享;为客户实验室配备人员,帮助他们扩大规模;捐赠耗材以及耗材打折。

我们的员工与CCDC、盖茨基金会、美国CDC、非洲CDC、巴斯德研究所、制药和生物技术公司等密切合作,帮助监测和控制病毒。由于Illumina测序技术是全球NGS标准,我们为这些团队共享研究信息提供了通用语言。

NGS在流行病学研究、感染群体分析、识别共病、验证诊断结果、评估不同毒株及其演化中发挥了重要功能。而这些对于理解疾病、测试治疗方法和开发疫苗极为重要。

早期工作
早在Illumina向CCDC提供NextSeq系统之前,我们的仪器就已经在帮助公共卫生官员对抗疫情。2019年12月,上海市公共卫生临床中心(SPHCC)部署了MiniSeq系统,用于测序患者样本。SPHCC是首批发布病毒基因组序列的机构之一。

随后,我们在上海设立了上海市公共卫生临床中心-因美纳微生物基因测序研究与应用示范中心,旨在加速微生物学研究和临床检测。

2020年4月,我们推出了Illumina SARS-CoV-2数据工具包,它是一套全新的数据分析和工作流程工具,可以更轻松地鉴定患者样本中的SARS-CoV-2序列,并将这些研究结果共享至公共数据库。

为了加速该工具的应用,Illumina最初免费向全世界的研究社区分发。这些工具整合了全球15,000台Illumina测序系统,为共享信息、了解传播途径、追踪病毒进化以及确定病毒突变是否影响治疗效果提供了强大、丰富的资源。

同月末,Illumina向非洲联盟委员会捐赠了价值140万美元的测序系统及耗材,用于扩大在刚果民主共和国、埃及、埃塞俄比亚、加纳、肯尼亚、马里、尼日利亚、塞内加尔、南非和乌干达的SARS-CoV-2测序规模。

5月,Illumina和Illumina企业基金会捐赠了1,000万美元以支持抗击新冠:500万美元的仪器和耗材,用于支持SARS-CoV-2监控、测序及监测;200万美元用于支持COVID-19相关研究;100万美元用于CDC基金会COVID应急响应基金;以及200万美元用于支持社区行动。

在英国,Illumina与Genomics England合作,对大约35,000名COVID-19患者进行了测序。该计划的目标是揭示COVID-19易感性的遗传因素。

NGS COVID检测与监测
6月9日,我们的高通量COVIDSeq™ Test获得FDA紧急使用授权,为实验室扩大诊断检测规模提供了新的NGS工具。随后,我们发布了COVIDSeq™ Assay,它是一款仅供研究使用的panel,可在MiSeq、MiniSeq和iSeq100系统上运行。尽管这一新检测并不能用于诊断,但它为分散的小型实验室提供了检测和追踪病毒的能力——这对于没有研究或监测网络的发展中国家尤为重要。

在实验室之外,Illumina也在四大洲作出了实际的贡献。Illumina与比尔及梅琳达·盖茨基金会合作,向全球病原体基因组学计划捐赠了价值6,000万美元的测序产品,该计划旨在扩展非洲病原体基因组学计划,帮助建立全面的全球病原体基因组学网络。

 

COVIDSeq尚未获得FDA许可或批准。但该检测获得了FDA的紧急使用授权,即在出现紧急情况时,在一定期限内授权紧急使用体外诊断产品来检测和/或诊断COVID-19。COVIDSeq仅授权用于经1988年临床实验室改进修正案(CLIA)42 U.S.C. §263a认证的美国实验室进行高复杂度检测。

有关用于MiSeq、MiniSeq和iSeq 100测序系统的全新96样本COVIDSeq Assay的信息,请点击此处

如需了解用于NovaSeq 6000和NextSeq 500/550/550Dx/2000的COVIDSeq的更多信息,请点击此处

如需了解支持COVID-19监测的相关信息,请点击此处

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