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药物开发基因组学, Cellular & Molecular Biology, 公司, 微生物

Illumina COVID检测服务

新项目利用基于NGS的诊断扩大美国的检测规模。

Illumina COVID检测服务
2020年9月3日

作者:首席医务官Phil Febbo

如果想要控制美国的COVID-19大流行,我们就必须拥有可以广泛使用的SARS-CoV-2检测。如果没有检测,公司、学校和公共卫生人员就会盲目行事,社区传播也会继续,直到开发出有效的疫苗和/或通过群体免疫限制病毒传播。

实时NGS将首次实现有效的接触者追踪和疫情管理,还能强调可能影响诊断和疫苗有效性的病毒变化。

为了扩大检测规模,Illumina最近加入了国立卫生研究院的诊断加速(RADxSM)计划,并将推出我们自己的COVID检测服务。我们相信,这些努力将缩小检测差距,并为病毒控制提供可操作的测序信息。

扩大COVID检测规模一直是一个巨大的挑战。今年早些时候,哈佛大学萨夫拉伦理中心提出,到今年6月,我们每天需要进行500万个检测,到今年秋天,这个数字将增加到每天2000万个。洛克菲勒基金会提出,到秋天每周需要进行3000万个检测。其他机构有提出较少的需求(每天需要进行50万个检测),但仍然预测会有更大的检测需求。

但仅有检测还不够。这些预测的差异来自对病毒繁殖以及社交距离和接触者追踪程序的有效性的假设。这些努力也必须可靠。

截至8月25日,美国报告了7960万例检测,总阳性率为9%。过去2个月的检测数量在479,000至927,000的范围内。尽管当前的检测能力能满足较低的范围,但我们还无法满足较高的检测建议(低10至20倍)。

这种紧急状况仍在持续。成功控制COVID-19的国家/地区在早期就采用了检测并具有较低的检测阳性率(阳性检测除以所有检测,再乘以100):新西兰0.4%,中国台湾0.6%,澳大利亚0.6%,韩国1.5%。

世界卫生组织 (WHO) 建议阳性率应保持在3%至12%之间,并且必须配合积极的接触者追踪和隔离。美国的阳性率为9%,达到了WHO的标准,但与成功控制COVID-19的国家/地区相比,美国只能提供10%所需的检测数量。

Illumina一直致力于帮助我们的客户利用新一代测序(NGS)来满足不断增长的检测需求,我们预见到了正在发生的检测短缺,并将通过我们的COVID检测服务直接贡献力量。对消费者来说,Illumina COVID检测服务将通过雇主和卫生机构提供,其价格与大部分基于PCR的检测大致相同。

我们的COVIDSeq检测获得了FDA的紧急使用授权,可用于COVID-19的检测和诊断。借助该检测,我们将在美国建立每天进行48,000个检测的能力。对于大多数阳性样本,我们还将开发全长SARS-CoV-2序列并用于研究。除了帮助提高美国的诊断能力,该服务还将产生数千个病毒序列。随着病毒的不断发展和疫苗的临床应用,这将变得越来越重要。此外,由于FDA已批准在NovaSeq 6000、NextSeq 500、NextSeq 550和NextSeq 550Dx(RUO模式)系统上开展COVIDSeq,许多获得CLIA认证、能进行高复杂度检测的实验室也能提供诊断结果和SARS-CoV-2序列。高通量测序也许能彻底改变COVID-19和未来病原体的公共卫生接触者追踪和大流行控制。

控制大流行最成功的国家/地区很早就进行了检测、隔离,开展了接触者追踪并采取了全国性社交距离措施。除非能够在识别出感染者的两到三天内有效地进行接触者追踪,否则这些努力将只能减缓(无法阻止)病毒的传播。实时NGS将首次实现有效的接触者追踪和疫情管理,还能强调可能影响诊断和疫苗有效性的病毒变化。

在美国,由于公共卫生基础设施不足,诊断检测有限或延迟,以及无症状SARS-CoV-2感染者的比例相对较高,接触者追踪在很大程度上是失败的

随着我们COVID检测服务的快速增加,我们将每周生成数千个COVID-19序列。这项工作得到了RADx的支持,可以整合到公共卫生工作中,实现大规模的主动基因组监测。

这些数据有助于安全地重新开放学校和企业,预防未来的疫情爆发。如果将COVID检测服务整合到公共卫生工作中,它将有助于实现美国科学院、工程院和医学院关于现代化国家大流行应对策略的构想。

我为我们取得的成就感到自豪。我们的诸多进步让测序价格低廉、可扩展并且准确,使基于NGS的诊断检测成为了可能,特别是COVIDSeq。随着我们推出高通量的Illumina COVID检测服务,以及获得CLIA认证的实验室采用COVIDSeq,美国将更好地展示这种能力如何控制当前和未来的流行病。

点击此处可进一步了解RADx计划。

 

 

 

 

 

 

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