全面探索甲基化组

NGS以高覆盖密度和灵活性推动表观遗传学研究

甲基化测序

胞嘧啶甲基化可显著改变基因的时空表达和染色质重塑。使用新一代测序(NGS),全基因组分析和靶向方法都可以在单核苷酸水平上对甲基化模式进行深入研究。

甲基化测序的优势:

  • 全基因组亚硫酸氢盐测序几乎可以检测大多数物种的基因组中每一个胞嘧啶的甲基化
  • 用少量DNA捕获完整的样本多样性
  • 靶向甲基化测序覆盖了经ENCODE、FANTOM5和表观基因组学路线图计划(Epigenomics RoadMap Consortium)确认的人类基因组中感兴趣的区域
  • 了解人类基因组中CpG、CHH和CHG区域的甲基化模式
使用NGS推进DNA甲基化研究

本电子书介绍了基因组学在基因表达和调控研究中的应用。了解工作流程如何影响研究结果。

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许多方法利用了NGS的高质量和灵敏度来进行甲基化分析。大多数方法依赖DNA的亚硫酸氢盐转化来检测未甲基化的胞嘧啶。在文库制备过程中,亚硫酸氢盐的转化会将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶。在测序数据中,转化后的碱基会被识别为(PCR后)胸腺嘧啶,并使用read读数来确定甲基化胞嘧啶的百分比。

亚硫酸氢盐转化测序可以用扩增子methyl-seq、靶向富集或全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)等靶向方法进行。此外,OxBS和TAB-Seq等替代化学技术也可以与NGS一起用于羟甲基化(5-hMc)的鉴定以及甲基化(5-mc)分析。

请参阅DNA甲基化分析领域指南 ,深入了解甲基化分析方法。

甲基化的影响

目前世界上90%以上的测序数据是利用Illumina NGS技术产生的。*

Illumina提供了完整的甲基化测序工作流程,从文库制备到数据分析。

点击下方的查看工作流程各步骤所使用的产品。

只需500 ng的人类DNA样本即可制备基于靶向富集的亚硫酸氢盐测序文库。

NextSeq 550系统

灵活的台式测序仪支持多种应用,每2个流动槽可对1个DNA样本进行测序。

HiSeq 4000系统

高通量、低成本,每个流动槽可对2–3个样本进行测序。

NovaSeq 6000系统

无论何种基因组、何种测序方法和项目规模都有可扩展的通量,灵活简便。

平台比较工具

比较测序平台,找到适合您实验室和应用的最佳系统。

测序试剂

找到包含为Illumina测序系统量身定制的测序试剂、流动槽和/或缓冲液的试剂盒。

MethylSeq App

用于WGBS或靶向甲基化测序。使用Bismark算法将经过亚硫酸氢盐处理的测序read定位到感兴趣的基因组,进行甲基化检出。

MethylKit App

 MethylKit可分析来自简化代表性亚硫酸氢盐测序(RRBS)和全基因组亚硫酸氢盐测序的测序数据。

BaseSpace数据库

查看使用Illumina文库制备试剂盒和测序仪器(使用“Methyl-Seq”类别过滤器)生成的WGBS数据示例。

方法指南

得到您需要的信息——包括用于基因组、转录组或表观基因组研究文库制备的BeadChip芯片、测序仪选择、分析及支持——集于一处。通过我们特别为研究应用设计的综合指南为您的实验室选择最好的工具。

查看指南
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*根据Illumina公司2015年存档数据计算。