主要应用和方法
获得最小生物的详细基因组图谱。小型基因组测序可对微生物或病毒基因组进行全面分析，有助于开展公共卫生、流行病学和疾病研究。每次MiSeq运行能对多达24个小型基因组进行测序。
查看其他研究人员如何使用MiSeq系统的小型基因组测序功能来进行微生物基因组研究：
文库制备
90分钟/15分钟手动操作
Nextera XT Library Prep Kit
所需DNA起始量低，90分钟内即可为小型基因组、PCR扩增子和质粒制备测序文库。
Nextera DNA Flex Library Prep Kit
一个快速、集成的工作流程，适合广泛的应用，从人类全基因组测序到扩增子、质粒和各种微生物。
分析
3小时
SPAdes Genome Assembler
用于从头测序的开源工具，专为组装来自MDA单细胞和标准细菌数据集的小型基因组而设计。
浏览BaseSpace Sequence Hub中的样本数据（需要登录）：
MiSeq小型基因组数据
靶向重测序专注于对基因子集或感兴趣研究区域的基因组的分析，节省时间与花费。扩增子测序（PCR扩增子的超深度测序）能够在单次分析中对多达数百个目标基因组区域进行经济有效地分析。在单次MiSeq运行中可测序多达96个样本和1536个扩增子或更多。
查看其他研究人员如何使用MiSeq系统进行扩增子测序：
检测设计与文库制备
5-7小时
AmpliSeq for Illumina测序解决方案
一种高度多重的、基于聚合酶链式反应（PCR）的工作流程，可在单次运行中对几个到数百个目标基因进行测序。
DesignStudio软件
数据分析
3小时
Local Run Manager
可以创建测序运行、监测运行状态和分析数据的本地软件解决方案。
BaseSpace Sequence Hub
用于NGS数据分析和管理的Illumina基因组学云端计算环境。
BaseSpace Variant Interpreter
使研究人员能够快速识别人类基因组数据中有生物学意义的变异。
16S rRNA（核糖体RNA）测序法无需培养，可用于鉴定和比较那些难以研究的，来自复杂微生物组或环境的细菌。 我们演示的16S rRNA测序方案可以帮助您消除实验中的相关猜测。多重分析功能可让您在一次MiSeq运行中处理多达96个样本。
查看其他研究人员如何使用MiSeq系统来推动宏基因组学研究：
分析
3小时
16S Metagenomics BaseSpace App
利用Illumina审核的GreenGenes分类数据库对16S rRNA靶向扩增子read进行分类。
浏览BaseSpace Sequence Hub中的样本数据（需要登录）：
16S Metagenomic测序运行
16S Metagenomic测序项目
每个样本的估算成本：18美元*
*在2016年使用MiSeq系统开展16S rRNA测序的每个样本的估算成本，基于96个样本、2 x 300 bp的读长，使用Nextera XT标签引物和MiSeq Reagent Kit v3（600个循环）
更多应用和方法
使用靶向RNA-Seq进行基因表达分析
靶向RNA测序（RNA-seq）主要关注特定的感兴趣的转录本，可用于分析基因表达和鉴定融合基因。
应用说明
适用于MiSeq系统的TruSeq Targeted RNA Expression解决方案
研究人员访谈
靶向基因panel
靶向基因测序panel包含定义好的探针组，专注于感兴趣的特定基因。预设计的panel和定制panel均可供您选用。
研究人员访谈
miRNA和小RNA分析
分离并测序小RNA，例如microRNA，研究非编码RNA在基因沉默和转录后调控中的作用。
使用染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）进行DNA-蛋白质互作分析
将染色质免疫沉淀（ChIP）方法与测序结合在一起，ChIP-Seq是基因调控全基因组研究的强大方法。
研究人员访谈
方法指南
得到您需要的信息——包括用于基因组、转录组或表观基因组研究文库制备的BeadChip芯片、测序仪选择、分析及支持——集于一处。通过我们特别为研究应用设计的综合指南为您的实验室选择合适的工具。
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